Čistoća nastambi je sastavni dio prevencije javljanja bolesti, te širenja među jedinkama u oporavilištu. Čišćenje mora biti redovito, ovisno o potrebama i karakteristikama životinje i samog smještaja. Svako oporavilište mora imati plan čišćenja, a odgovornosti za čišćenje moraju biti jasno raspodijeljene. Nastambe moraju biti čiste, feces i urin moraju se redovno uklanjati, kako se iz nastambi ne bi širio smrad, nakupljali paraziti, insekti. Životinje moraju uvijek imati dostupnu čistu vodu, posude za vodu moraju se redovno čistiti od algi, lišća, fecesa i drugog smeća.

Radi sprječavanja prenošenja bolesti životinja na ljude, potrebna je visoka razina osobne higijene osoba koje rade u oporavilištu.

Životinje za koje se zna ili se sumnja da su oboljele od zaraznih bolesti moraju se držati odvojeno. Novo pridošle životinje također se moraju držati odvojeno od životinja koje se već nalaze u oporavilištu. Životinje koje su donesene zajedno (npr. mladunci iz istoga legla) mogu se držati zajedno tijekom perioda karantene. Ne smiju se staviti u zajedničke nastambe dok se ne ustanovi da su dobroga zdravlja.

Posude, pribor za hranjenje, medicinska oprema, tkanine korištene za rukovanje životinjama, rukavice za rukovanje moraju biti redovno čišćeni, dezinficirani i redovno mijenjani između uporabe za različite životinje.

Hrana za životinje mora se skladištiti i pripremati na način da se ju zaštiti od nametnika i mikrobiološkog onečišćenja.

Sanitarni zahtjevi

 -         sav organski otpad mora se prikupiti u nepropusne vreće ili posude i skladištiti na sigurnom mjestu dok se neškodljivo ne ukloni iz oporavilišta.

-         domaće životinje ne smiju dolaziti u direktni kontakt sa životinjama u oporavilištu, a ako je to neizbježno, domaće životinje moraju biti cijepljene.

-         osoblje mora redovno mijenjati i prati radnu odjeću

-         ukoliko se provode mjere dezinsekcije i deratizacije, strogo se mora paziti da se izbjegne mogućnost kontaminacije hrane i nastambi pesticidima i eliminirati mogućnost da životinje u oporavilištu dođu u kontakt sa pesticidima

-         osobu koja je spasila i dovela životinju u oporavilište treba pitati da li je ozlijeđena u kontaktu sa životinjom (ugriz, ogrebotina). Ukoliko osoba jest ozlijeđena, treba ju uputiti liječniku.